新冠肺炎大流行下，除了跟踪日常新冠病例的数量外，全球科学界还参与了这种病毒本身的跟踪。
Efrem Lim领导的亚利桑那州COVID-19基因组学联盟（ACGU）团队，主要研究点聚焦在该病毒如何随时间传播、变异和调整适应。
为了追踪全球的病毒踪迹，Lim的团队正在ASU的基因组学设施中使用一种称为下一代测序的新技术，以快速通读新冠基因组的所有30,000个化学字母。
每个序列都存放在一个全球基因库中，该基因库由一个名为GISAID的非营利性科学组织运营。迄今为止，GISAID的EpiCoVTM数据库已经存储了超过16,000个SARS-CoV-2序列。
分析的首批亚利桑那州首例病例显示，这些病毒最有可能来自欧洲前来旅行的人员。利用从亚利桑那州潜在病例中获得的382个鼻拭子样本库，Lim的团队发现了从未发现的SARS-CoV-2突变——其中81个字母消失了，并从基因组永久消失。
该研究结果发表在《病毒学杂志》（Virology）的在线版本上。
Lim说，一旦他的手稿数据在预印服务器medRxiv上可用，它将引起包括世界卫生组织在内的科学界的全球关注。
Lim是亚利桑那州立大学生物设计研究所的助理教授，他称：“引起人们关注的这种突变的原因之一是，它反映了2003年SARS爆发时发生的大的缺失。”在SARS流行的中期和后期，当下的新冠病毒（SARS-CoV）已经积累了使病毒减毒的突变。科学家们认为，如果一种弱毒病毒能够在不知不觉中被感染的人有效地传播到人群中，则具有选择优势。
所有阳性病例均显示SARS-CoV-2病毒基因组彼此不同，这意味着它们彼此独立。这表明新病例与1月份的第一例亚利桑那州病例没有关联，而是最近来自不同地点的旅行的结果。
而81个碱基对的突变，由于以前在GISAID数据库中从未发现过，因此它还可以提供有关病毒如何使人患病的线索。这也可能为其他科学家开发抗病毒药物或制定新疫苗提供新的起点。
SARS-CoV-2产生辅助蛋白，以帮助其感染人类宿主，复制并最终在人与人之间传播。研究人员们尝试在SARS-CoV-2辅助蛋白ORF7a中去除了27个蛋白质构建基，该蛋白与2003年SARS-CoV免疫拮抗剂ORF7a / X4非常相似。
ASU小组现在正在努力进行进一步的实验，以了解病毒突变的功能后果。病毒蛋白被认为可以帮助新冠病毒躲开人类防御，最终杀死细胞。这就可以释放病毒，使其以连锁反应的形式感染其他细胞，从而迅速导致病毒在整个体内复制自身，最终在初次感染后8-14天引起严重的新冠症状。
Lim指出，迄今仅测序了16,000个SARS-CoV-2基因组，不到流通菌株的0.5％。而目前，全世界有超过350万例确诊的新冠病例。
Lim的小组已与TGen、UA和北亚利桑那大学合作，继续跟踪新冠状病毒的不同遗传株。刚成立的亚利桑那州COVID-19基因组学联盟（ACGU）希望共同使用大数据分析和基因作图，以使亚利桑那州的医疗保健提供者和公共政策制定者在对抗日益流行的流行病方面掌控优势。
